Upozornění pro čtenáře a uživatele této knihy
Všechna práva vyhrazena. Žádná část této tištěné či elektronické knihy nesmí být reprodukována ani šířena v papírové, elektronické či jiné podobě bez předchozího písemného souhlasu nakladatele. Neoprávněné užití této knihy bude trestně stíháno.

Doc. MUDr. Tibor Hlavatý, PhD.

ZÁKLADY KLINICKÉHO VÝSKUMU

Recenzie:
Prof. MUDr. Viera Kupčová, CSc.
Prof. MUDr. Daniela Ostatníková, PhD.

Vydanie odbornej knihy schválila Vedecká redakcia nakladateľstva Grada Publishing, a.s.

© Grada Publishing, a.s., 2016
Cover Photo © allphoto, 2016

Vydala Grada Slovakia, spol. s r. o.
Moskovská 29, Bratislava
ISBN 978-80-8090-008-3

Vydala Grada Publishing, a.s.
U Průhonu 22, Praha 7
ISBN 978-80-247-5713-1
ako svoju 6115. publikáciu

Zodpovedná redaktorka Mgr. Miroslava Kováčiková
Sadzba a zalomenie Josef Lutka
Formát ePub Štěpán Böhm
Počet strán 240
1. vydanie, Bratislava, Praha 2016

Vytlačili Tiskárny Havlíčkův Brod, a.s.

Názvy produktov, fi riem a pod., použité v tejto knihe, môžu byť ochrannými známkami alebo registrovanými ochrannými známkami príslušných vlastníkov, čo však nie je zvláštnym spôsobom vyznačené.

Postupy a príklady v knihe, rovnako aj informácie o liekoch, ich formách, dávkovaní a aplikácii sú zostavené s najlepším vedomím autorov. Z ich praktického uplatnenia nevyplývajú pre autorov ani pre nakladateľstvo žiadne právne dôsledky.

ISBN 978-80-271-9041-6 (ePub)
ISBN 978-80-271-9040-9 (pdf)
ISBN 978-80-247-5713-1 (print)

Poďakovanie

Chcel by som sa srdečne poďakovať všetkým, ktorí sa spolupodieľali na príprave tejto knihy. Na prvom mieste ďakujem mojej manželke MUDr. Alene Hlavatej, PhD., ktorá bola prvým čitateľom, prísnym kritikom a neúnavným korektorom napísaných kapitol.

Moja vďaka patrí aj prof. MUDr. Jurajovi Payerovi, PhD., FRCP, kolegovi a priateľovi, ktorého podpora pri písaní tejto knihy bola neoceniteľná. V neposlednom rade ďakujem svojim kolegom MUDr. Tomášovi Kollerovi, PhD., MUDr. Anne Krajčovičovej a MUDr. Martinovi
Huorkovi, CSc. za plodné diskusie, z ktorých sa zrodila táto kniha. Moja vďaka patrí tiež recenzentom prof. MUDr. Daniele Ostatníkovej, PhD. a prof. MUDr. Viere Kupčovej, PhD. za ich čas a cenné pripomienky, ktoré knihu vylepšili.

Ďakujem tiež redaktorom nakladateľstva Grada Publishing MUDr. Miroslavovi Lomíčkovi a Mgr. Miroslave Kováčikovej, ktorých odborná práca a erudícia pretavila manuskript do profesionálne pripravenej knihy.

Úvod

Ak ste si kúpili túto knihu, zrejme s klinickým výskumom začínate a chystáte sa na diplomovú alebo doktorandskú prácu. Poprípade už máte prvé projekty za sebou a radi by ste svoju prácu zdokonalili, zrýchlili a zlepšili. Ak hľadáte knihu o tom, ako správne pripraviť výskum, ako naplánovať veľkosť súboru, zvoliť správne metódy, ako na pár kliknutí zrealizovať štatistické analýzy alebo ako napísať prácu, ktorú môžete publikovať v slušnom žurnále, držíte v ruke správnu knihu.

Hovorí sa, že expert je ten, ktorý už vo svojej oblasti urobil všetky možné chyby a tak sa ich vie vyvarovať. V takom prípade som vážny kandidát na experta pre metodiku klinického výskumu. Pri mojich prácach doma aj v zahraničí som už zažil asi každú katastrofu, ktorá sa začínajúcemu výskumníkovi môže udiať. Či už to bol zle naplánovaný výskum bez odpovede na ciele projektu, cez narušenie databázy údajov až po rozsypanie sa viac ako dvesto citácií vo finálnej verzii mojej habilitačnej práce. Medzičasom som sa poučil a zatiaľ čo napísať moju prvú prácu mi trvalo večnosť, dnes to ide hladko, rýchlo a zvyčajne sa ju rýchlo podarí aj publikovať v slušnom žurnále. Stojí za mnou k dnešnému dňu viac ako štyridsať publikovaných vedeckých prác v medzinárodných časopisoch, tri knihy a niečo cez päťsto citácií na moje výsledky.

Rád by som sa preto o svoje skúsenosti podelil a pomohol vám urobiť váš projekt rýchlejšie, lepšie a so zaslúženým úspechom v podobe kvalitnej publikácie. Knihu som sa snažil písať stručne, jasne a dokumentovať ju konkrétnymi príkladmi z úspešných vedeckých projektov. Ak sa mi podarilo klinickú vedu pre čitateľa zjednodušiť a nadchnúť ho pre vedecké poznávanie, kniha splnila svoj účel.

Ďakujem, že ste si ju kúpili, a prajem príjemné čítanie.

Tibor Hlavatý

8. septembra 2015

1Práca s literatúrou

Napriek pokrokom v našom poznaní príčin chorôb, napriek novým diagnostickým metódam a novým liečebným postupom zostáva v medicíne veľa neznámeho a záhadného. Cieľom klinického výskumu je toto neznáme a záhadné odhaľovať, t. j. skúmať príčiny ochorení, lepšie možnosti diagnostiky, hľadať účinnejšiu liečbu a popísať prognózu chorôb a ich komplikácie. Na začiatku klinického výskumu je preto doteraz nezodpovedaná otázka, klinický problém, ktorého riešenie nepoznáme. Cieľom výskumu je tak nájsť na vedeckú otázku dosiaľ neznámu odpoveď. Toto sú niektoré príklady vedeckých otázok: ako často sa dané ochorenie vyskytuje a kto je naň najviac náchylný? Čo dané ochorenie zapríčiňuje? Ktorá diagnostická metodika je najpresnejšia alebo či je nová liečba úspešnejšia ako doteraz používaná?

Na to, aby sme vedeli zadefinovať, čo je neznáme, potrebujeme vedieť, čo sa o danom probléme už vyskúmalo, čo už známe je a čo, naopak, stále nevieme. Na začiatku klinického výskumu je preto zadefinovanie problému a pomerne široká klinická otázka. To, ako špecificky je otázka definovaná, je zvyčajne dané podľa stupňa expertízy autora. Ak vypracovávate diplomovú prácu, vedeckú otázku asi sformuluje váš vedúci. Ak pracujete na doktorandskom projekte, postupne budete relevantné vedecké otázky spoludefinovať sami. Neskôr už sa očakáva, že vedecký problém si budete vedieť definovať sami.

Žijeme v dobe explózie vedeckého výskumu. Je preto vysoko pravdepodobné, že klinickému problému, ktorý sa chystáte riešiť, sa už niekto venoval. Určite sú publikované desiatky štúdií a na problém vyslovilo svoj názor mnoho expertov. Dokonca je možné, že daný problém je už vyriešený a predmetný klinický výskum tak vlastne nemá význam. Nie je nič frustrujúcejšie, ako sa bezhlavo pustiť do vedeckého výskumu a zistiť, že vaše výsledky sú už dávno známe, desaťkrát odpublikované a okomentované. Takýto výskum sa, bohužiaľ, ešte stále veľmi často vykonáva, jeho prínos je minimálny a o jeho výsledky nemá záujem žiaden seriózny časopis. Ak by niekto začal skúmať, či je penicilín účinný na streptokokovú angínu, mrhá časom aj energiou.

Na začiatku vedeckého projektu je preto potrebné dôsledne si preštudovať dostupnú literatúru. Získať a prečítať všetky relevantné publikácie, ktoré sa problému venovali, aké metódy sa použili, aké problémy sa pri výskume vyskytli a na záver zadefinovať oblasti, ktoré zostávajú neznáme, alebo v ktorých sú doterajšie výsledky kontroverzné. Napríklad, ak chceme preskúmať či zafarbenie sliznice čreva roztokmi neškodných farbiacich činidiel (chromoendoskopia) zlepšuje diagnostiku malých nádorov a prekanceróznych zmien v hrubom čreve, musíme si prečítať, či už niekto podobné štúdie realizoval, aké metódy použil, koľko pacientov vyšetril, aké mal výsledky, či nezaznamenal vedľajšie účinky farbičiek a aké závery zo štúdií vyvodil.

Prehľad dostupnej literatúry sa nazýva bibliografická rešerš. Výsledky takej rešerše sa často spolu s komentármi autora publikujú ako osobitná publikácia, ktorá má názov prehľadová práca alebo review. Osobitná štruktúrovaná forma takejto rešerše sa nazýva systematický prehľad (pozri kapitolu Systematický prehľad a meta-analýza).

1.1Prehľad vedeckej literatúry

Úvodné informácie o probléme je možné získať preštudovaním kníh ako sú učebnice alebo špecializované publikácie na danú tému. V knihách je možné získať najmä prehľad o problematike, ľahko je možné porozumieť hlavným princípom a kontextu daného problému. Informácie v knihách sú však, bohužiaľ, zvyčajne už v čase publikácie niekoľko rokov staré. Knihy tak nie sú schopné zahrnúť najnovšie informácie o problematike, ako sú napríklad nové lieky alebo nové diagnostické metódy. Rešerš vedeckej problematiky sa preto sústreďuje na vedecké články, publikované v odborných časopisoch.

Ešte pred pätnástimi rokmi sa rešerš vykonávala tak, že záujemca zašiel do lekárskej knižnice, zadal knihovníkovi tému a o pár týždňov si prišiel po výsledky v podobe odkopírovaných článkov, takzvaných separátok. Rešerš bola doplnená dvomi-tromi knihami, poväčšinou staršieho dáta. Výsledky boli obmedzené bibliografickými zdrojmi danej knižnice a schopnosťou knihovníka zohnať v susednej knižnici niečo navyše. Táto doba je už dávno preč. V súčasnosti je základom rešerše problematiky vo všetkých biomedicínskych vedách databáza publikácií PubMed, ktorú spravuje americká Národná lekárska knižnica (National Library of Medicine). Databáza je dostupná na stránke pubmed.org alebo www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/. Na PubMede existujú aj ďalšie databázy údajov, ako sú napríklad katalóg kníh, sekvencie ľudských génov, chemických látok alebo databázy genetických ochorení.

V posledných rokoch vznikajú rôzne alternatívne vyhľadávače publikácií, ktoré buď automatizujú vyhľadávanie na PubMede, alebo používajú vlastnú databázu publikácií. Asi najvýznamnejšími alternatívami je bezplatný Google scholar a platený Scopus. Posledný rok – dva sa rozvíjajú aj databázy publikácií vo forme sociálnych sietí, ako je ResearchNet alebo Mendeley. V týchto aplikáciách zadávajú svoje publikácie samotní autori a pre registrovaných členov sú často dostupné aj v plnotextovej verzii. Niektoré knižnice ponúkajú vlastný prístup na PubMed, prípadne doplnený o prehľadávanie vlastných zdrojov alebo plnotextový prístup na predplatené časopisy. Na Slovensku má podobný portál Centrum vedecko-technických informácií, dostupný na webstránke: www.cvtisr.sk.

1.1.1PubMed

PubMed je vyhľadávací nástroj Národnej lekárskej knižnice Spojených štátov amerických. Je dostupný na internetovej adrese www.ncbi.nlm.gov/pubmed.org. Pomocou PubMedu je možné vyhľadávať články z odborných lekárskych časopisov, ktoré sú dostupné v databáze Medline. Medline systematicky zhromažďuje všetky články z vybraných asi 5 600 najvýznamnejších vedeckých časopisov z celého sveta. Väčšina odborných článkov sa v súčasnosti publikuje v angličtine, do databázy sa však zaraďujú aj abstrakty článkov z národných časopisov. Zo Slovenska je napríklad na Medline časopis Bratislavské lekárske listy alebo Neoplasma, z českých časopisov napríklad Vnitřní lékařství. Hoci PubMed je vyhľadávací nástroj (search engine) a Medline databáza, tieto dva názvy sa používajú takmer synonymicky. PubMed je vo svojej podstate niečo ako google pre vedecké práce. Články, ktoré nie sú na PubMede (Medline), sú v drvivej väčšine prípadov bez väčšieho významu.

Databáza Medline vznikla v roku 1971 a až do roku 1996 bola dostupná len cez sieť knižníc, ktoré mali k databáze prístup. V roku 1997 bola databáza vtedajším viceprezidentom USA Al Gorom slávnostne sprístupnená verejnosti a odvtedy je dostupná prostredníctvom internetového vyhľadávača PubMed zadarmo a pre každého. Medline nadviazal na dovtedajší písomný katalóg vedeckých článkov Index Medicus, ktorý sa viedol od roku 1951. Všetky práce z tohto katalógu sú zaradené aj do internetovej databázy. Do Medlinu boli postupne zaradené aj články popredných časopisov s dlhoročnou tradíciou, ako je Science alebo British Medical Journal, a to od ich založenia. V niektorých prípadoch sú tak na Medline aj práce z 19. storočia siahajúce až do roku 1809.

V súčasnosti je v databáze Medline registrovaných asi 25 miliónov článkov a každoročne sa pridáva ďalších asi 500 000 nových odborných a vedeckých článkov. Medzi odborné články patria vedecké štúdie zo všetkých teoretických oblastí a klinických odborov medicíny, ako sú napríklad genetické štúdie, epidemiologické štúdie, patofyziologické štúdie, kazuistiky, klinické štúdie s liekmi, prehľadové práce, meta-analýzy a odporúčania odborných spoločností. Štandardnou súčasťou každého záznamu je názov práce, jej autori, časopis, rok publikácie, číslo a strana, typ článku a štandardizované kľúčové slová (MeSH termíny, Medical Subject Headings). Asi polovica prác má zaradený aj abstrakt v anglickom jazyku. Abstrakty sú však dostupné pre väčšinu významných originálnych prác, vrátane publikácií v jazykoch iných ako angličtina. Takisto asi polovica prác má uvedený odkaz (link) na plnú verziu článku v odbornom časopise. Väčšina plnotextových verzií článkov je dostupná len pre predplatiteľov daného časopisu alebo pre členov lekárskych knižníc, ktoré si daný časopis predplatili. Menšia časť (asi 3,8 milióna prác) je však dostupná v plnej verzii zadarmo. Ide buď o práce publikované vo formáte otvoreného prístupu (Open Acces), alebo o články s odstupom 6–24 mesiacov od ich publikovania v danom časopise. Keďže citácie do Medline zadávajú samotní vydavatelia, bývajú vo väčšine prípadov dostupné takmer okamžite po ich uverejnení v danom časopise.

Spôsob vyhľadávania na PubMede je vzhľadom na obrovský počet vedeckých prác veľmi dôležitý. Cieľom vyhľadávania je nájsť tie najrelevantnejšie práce k danej téme a neprekročiť počet výsledkov vyhľadávania cez únosnú mieru 100–200 článkov. Našťastie, vyhľadávanie na PubMede je pomerne intuitívne a aj bez väčšieho zaškolenia je možné ihneď začať s PubMedom pracovať. Stačí zadať dve tri kľúčové slová a PubMed vyhľadá relevantné odborné články. Poznanie princípov vyhľadávania však dokáže výrazným spôsobom zvýšiť efektivitu práce, identifikovať dôležité práce a vynechať balast. Nasledujúca kapitola je preto venovaná otázke, ako na PubMede nájsť tie najdôležitejšie práce s čo najmenšou námahou.

PubMed má aj slabé miesta, a preto sa v ďalšej kapitole venujeme jeho alternatívam a doplneniam. Prvou slabinou je, že Medline obsahuje iba vedecké články z časopisov, chýbajú však knihy,
abstrakty z konferencií a mnohé ďalšie zdroje. Najmä v súčasnej stále sa zrýchľujúcej dobe sú tak najaktuálnejšie informácie prezentované na vedeckých konferenciách a publikované ako abstrakty v zborníkoch. Publikácia vo forme článku, ktorý sa dá nájsť na PubMede je dostupná často až o 1–2 roky. Ďalšou slabinou je, že PubMed nemá mechanizmy na triedenie článkov podľa ich významu. Existujú prelomové práce aj bezvýznamné replikácie iných prác a PubMed ich nevie identifikovať. Výsledkom býva neštruktúrovaný zoznam stoviek prác, ktoré treba manuálne prehliadať. Trošku ťažkopádne je sociálne zdieľanie prác a ich stiahnutie do citačného softvéru. Odhliadhnuc od týchto slabín PubMed zostáva prvým a ťažiskovým nástrojom pri bibliografickej rešerši.

Základné vyhľadávanie na PubMede

Po pripojení sa na internetovú stránku PubMedu sa ukáže úvodná stránka tak, ako je zobrazená na obrázku 1.1.

Obr. 1.1 Úvodná stránka vyhľadávača PubMed Národnej lekárskej knižnice USA

Na úvodnej stránke je možné priamo zadať kľúčové slová a vyhľadávať, je možné zvoliť vyhľadávanie v ďalších z vedeckých databáz Národnej lekárskej knižnice (sekvencie génov, dedičné ochorenia, taxonómia atď.). Takisto je možné prihlásiť sa do vlastného účtu, čo rozoberá samostatný odsek nižšie v tejto kapitole. Príklady výsledkov vyhľadávania na PubMede sú znázornené na obrázku 1.2.

Obr. 1.2 Výsledky vyhľadávania na PubMede podľa kľúčových slov

Počet výsledkov vyhľadávania je daný najmä počtom a jedinečnosťou termínov zadaných do vyhľadávacieho riadku. Ak sú tieto termíny všeobecné, ako napríklad „disease“, výsledkom vyhľadávania budú rádovo desaťtisíce článkov. Pri úzko špecifikovaných termínoch, ako je napríklad „Hlavaty T“, bude výsledkom niekoľko desiatok článkov. Ak sa zadá jeden termín, výsledkov bude veľa, pri piatich vyhľadávacích slovách zopár článkov, prípadne aj žiaden. Pokiaľ nie je užívateľom špecifikované inak, PubMed vyhľadáva články, ktoré obsahujú všetky vyhľadávacie termíny. Užívateľ môže nastaviť, koľko výsledkov si praje zobraziť naraz, podľa akej vlastnosti ich zoradiť (dátum publikácie, relevancia, názov) a v akom bibliografickom formáte (abstrakt, citácie, iba text atď.).

V štandardnom prednastavenom zobrazení je pri každom článku uvedený názov, autori, časopis, rok vydania, číslo a strana publikácie. Ďalej je uvedený dátum prvej elektronickej publikácie článku, jeho jedinečný digitálny identifikátor „doi“ (digital object identifier) a jedinečné katalogizačné číslo v PubMede, tzv. PMID (PubMed identification). Takisto sa uvádza, či má článok abstrakt, či je dostupný fulltext (článok v celom znení, najčastejšie vo formáte pdf) alebo bezplatný fulltext článku. Na ľavej strane pred článkom je zaškrtávacie políčko na označenie článku. Označené články je možné skopírovať do dočasnej schránky (Clipboard), odoslať si ich emailom alebo ich stiahnuť do špeciálneho softvéru na manažovanie bibliografických odkazov, tzv. citačného softvéru (pozri kapitolu Citačný softvér).

Optimalizácia vyhľadávania na PubMede

Vyhľadávanie na PubMede je intuitívne a už pri zadávaní kľúčového slova sa ponúkajú alternatívy najčastejších termínov. Výsledky však môžu byť nešpecifické a priveľmi početné. Cieľom optimalizácie vyhľadávania je zúžiť výsledky na čo najrelevantnejšie články a nevynechať pritom žiadne dôležité výsledky.

Pre zlepšenie vyhľadávania na PubMede je preto užitočné pochopiť jeho systém vyhľadávania. Medline používa unikátny kontrolovaný slovník biomedicínskych termínov, ktoré sa nazývajú MeSH (Medical Subject Headings). MeSH termíny sú usporiadané do hierarchického stromu a pravidelne aktualizované. Každý článok, ktorý je doplnený do Medline od roku 2003 má priradené priliehajúce MeSH termíny. Tieto sa typicky týkajú typu publikácie (klinická štúdia, prehľadový článok atď.), orgánového systému, subjektov výskumu (zvieracie modely, pacienti, vek, pohlavie) a hlavných kľúčových slov.

Pri intuitívnom vyhľadávaní sa vyhľadávané slová najprv hľadajú medzi MeSH termínmi, potom v indexovanom zozname špecializovaných časopisov, potom v indexovanom zozname mien autorov, nakoniec vo všetkých položkách záznamu. Akonáhle nájde PubMed zodpovedajúce kľúčové slovo, obmedzí vyhľadávanie na indexované články v identifikovanom okruhu. Pri nešpecifickom vyhľadávaní PubMed hľadá články, ktoré obsahujú všetky vyhľadávacie termíny.

Pri optimalizácii vyhľadávania sa využívajú viaceré nástroje:

1.logické operátory AND, OR a NOT spolu so zátvorkami na zoskupovanie termínov,

2.trunkácia (skrátenie) slov pomocou znaku hviezdičky *,

3.zúženia vyhľadávania na konkrétne pole bibliografického záznamu, napríklad iba na autorov Hlavaty [Author],

4.používanie celých fráz pomocou úvodzoviek „ “,

5.kombinovanie jednotlivých vyhľadávaní označených v histórii prehľadávania (History) pomocou znaku # a čísla hľadania.

Príklad použitia viacerých optimalizačných nástrojov vyhľadávania na PubMede je na obrázku 1.3.

Obr. 1.3 Optimalizácia vyhľadávania pomocou logických operátorov, trunkácie, zúženia polí a kombinácie vyhľadávaní

PubMed dokáže rozpoznávať tri logické operátory, ktoré musia byť zadané s veľkými písmenami. Operátor AND znamená, že do vyhľadávania sa zaradia práce, ktoré obsahujú všetky vyhľadávané termíny. Naopak operátor OR znamená, že sa zaradia práce, ktoré obsahujú ktorýkoľvek z vyhľadávacích termínov a operátor NOT znamená, že sa zaradia práce obsahujúce prvý a neobsahujúce druhý z hľadaných termínov. Príklady sú uvedené na obrázku 1.4.

Obr. 1.4 Vyhľadávanie na PubMede pomocou logických operátorov AND, OR a NOT

Jednotlivé kľúčové slová sa môžu pomocou logických operátorov kombinovať, pričom je možné kombinácie logických operátorov ohraničiť zátvorkami. V tom prípade PubMed vyhľadá najprv všetky práce spĺňajúce vyhľadávacie kritérium vnútri zátvorky a následne kombinuje vyhľadané zoznamy podľa ďalších logických operátorov medzi výrazmi ohraničenými zátvorkami. Napríklad (Ulcerative AND colitis) OR (Inflammatory AND bowel AND disease) vyhľadá práce, ktoré obsahujú buď oba termíny ulcerative aj colitis (ulcerative AND colitis), alebo (OR) všetky tri termíny inflammatory aj bowel aj disease.

Ďalším z nástrojov optimalizácie vyhľadávania je trunkácia slov pomocou znaku*. Ak sa na koniec hľadaného reťazca pridá znak*, PubMed bude vyhľadávať slová s akoukoľvek koncovkou nasledujúcou po zadanom reťazci. Napríklad ak sa zadá termín colonoscop*, PubMed bude hľadať všetky články obsahujúce slová colonoscope, colonoscopes, colonoscopy, colonoscopic atď. Táto funkcionalita je veľmi praktická, ak sa niektorý termín používa vo viacerých ustálených verziách alebo ako podstatné aj prídavné meno, napr. colonoscopy screening alebo colonoscopic screening.

Tretím z optimalizačných nástrojov je špecifikácia poľa, v ktorom sa má vyhľadávaný výraz hľadať. Zadáva sa vo forme plného názvu poľa alebo jeho skratky tesne za vyhľadávaný výraz v hranatých zátvorkách, napríklad Head [Author] alebo Head [AU] obmedzí vyhľadávanie výrazu head (hlava) iba na autorov s týmto menom a nie na akúkoľvek zmienku o hlave v článku. Zoznam bibliografických polí (kategórií, tagov) je v tabuľke 1.1.

Tab. 1.1 Zoznam bibliografických kategórií (tags) na Pubmede

Affiliation [AD]

Article Identifier [AID]

All Fields [ALL]

Author [AU]

Author Identifier [AUID]

Book [book]

Comment Corrections

Corporate Author [CN]

Create Date [CRDT]

Completion Date [DCOM]

EC/RN Number [RN]

Editor [ED]

Entrez Date [EDAT]

Filter [FILTER]

First Author Name [1AU]

Full Author Name [FAU]

Full Investigator Name [FIR]

Grant Number [GR]

Investigator [IR]

ISBN [ISBN]

Issue [IP]

Journal [TA]

Language [LA]

Last Author [LASTAU]

Location ID [LID]

MeSH Date [MHDA]

MeSH Major Topic [MAJR]

MeSH Subheadings [SH]

MeSH Terms [MH]

Modification Date [LR]

NLM Unique ID [JID]

Other Term [OT]

Owner

Pagination [PG]

Personal Name as Subject [PS]

Pharmacological Action [PA]

Place of Publication [PL]

PMID [PMID]

Publisher [PUBN]

Publication Date [DP]

Publication Type [PT]

Secondary Source ID [SI]

Subset [SB]

Supplementary Concept[NM]

Text Words [TW]

Title [TI]

Title/Abstract [TIAB]

Transliterated Title [TT]

UID [PMID]

Version

Volume [VI]

Pozn.: Tučným písmom sú zvýraznené kategórie, ktoré sa najčastejšie využívajú.

Štvrtým spôsobom špecifikácie vyhľadávania je použitie celých fráz, ktoré sa označia úvodzovkami alebo označením [tw]. Napríklad „colonoscopy screening“ bude hľadať iba články, ktoré majú v bibliografickom zázname danú frázu a nie všetky články, ktoré obsahujú slovo screening a colonoscopy.

Posledným spôsobom špecifikácie je kombinácia uložených vyhľadávaní, ktoré sa označujú znakom # a poradovým číslom vyhľadávania. Je tak možné kombinovať výsledky vyhľadávaní bez nutnosti prácne opätovne zadávať celé výrazy a hľadacie vety.

Individualizácia vyhľadávania na PubMede

Veľmi významnou funkciou PubMedu je možnosť vytvoriť si vlastný účet v Národnom centre biotechnologických informácií (NCBI). Účet je zadarmo a prináša niekoľko výhod. Prihlásený užívateľ si môže individualizovať vyhľadávací proces na PubMede podľa prednastavených filtrov. Môže si uchovávať výsledky vyhľadávania a vytvoriť si vlastné priečinky s uchovávanými článkami. Ďalej je možné nastaviť si automatické vyhľadávanie v novo-pridaných článkoch a odoberanie týchto výsledkov formou RSS kanála (pozri nižšie) alebo posielaním emailov. Pre registrovaných členov bola v roku 2014 vytvorená nová sociálna funkcionalita PubMed COMMONS. Táto umožňuje pridávať k publikovaným článkom komentáre a diskutovať tak o vedeckých zisteniach.

Obr. 1.5 Individualizácia výsledkov vyhľadávania na PubMede

Veľmi užitočnou funkciou PubMedu je nastavenie individuálnych filtrov vyhľadávania. Pomocou filtrov je možné zúžiť výsledky vyhľadávania podľa vami špecifikovaných kritérií. Kritériá je možné zadefinovať pre všetky bibliografické kategórie článkov na PubMede. Je možné zadefinovať filter iba na roky publikácie, napríklad za posledné tri roky. Užívateľ si môže nastaviť filter na konkrétne časopisy, napríklad na tie, ktoré odoberá a má k nim plnotextový prístup. Ďalej je možné zadefinovať kritériá pre kľúčové slová v názve, abstrakte alebo MeSH termínoch. Prefiltrovať tak možno napríklad len články, ktoré majú v názve „Meta-analysis“ alebo „Randomised control trial“. Rovnako je možné filtrovať iba určité typy publikácií, ako sú prehľadové práce, kazuistiky, klinické štúdie a podobne. Pri definovaní filtrov je možné použiť všetky optimalizačné funkcie vyhľadávania, ako je
použitie logických operátorov, univerzálneho doplňovania slov pomocou hviezdičky „ * “ alebo špecifikáciu bibliografickej kategórie v hranatej zátvorke za vyhľadávacím termínom [AU] = autor. Použitie filtrov výrazne zefektívňuje vyhľadanie vhodných článkov a spolu s citačným softvérom umožňuje bez väčšej námahy uvádzať do vlastnej vedeckej práce prislúchajúce citácie na odborné práce.

V neposlednom rade umožňuje PubMed automatizovať aktualizácie vyhľadávania pomocou RSS kanála (RSS feed). RSS znamená Realy simple syndication a umožňuje užívateľom odber noviniek zo stránky, ktorá ponúka RSS kanál. Na jeho použitie je potrebné mať RSS čítačku, napríklad v mailovom programe. Ak po zadaní vyhľadávacieho reťazca v PubMede zvolíme funkciu RSS, ukáže sa nám internetová adresa. Túto zadáme do RSS čítačky, napríklad v mailovom programe (Mozila Thunderbird, Outlook a pod.). Následne vždy, keď je do databázy Medline pridaný nový článok vyhovujúci pôvodne zadaným kritériám, je tento odoslaný ako RSS správa do čítačky. Táto funkcia umožňuje doslova denne získavať aktuálne informácie o téme, ktorá je predmetom záujmu výskumníka.

1.1.2Doplnky a rozšírenia PubMedu

PubMed je systém otvorený aj pre aplikácie tretích strán. Vyhľadávanie na PubMede je tak možné ďalej zefektívniť a v nasledujúcom texte predstavím dva užitočné doplnky PubMedu. Prvým je PubMatrix, dostupný na adrese http://pubmatrix.irp.nia.nih.gov/secure-bin/index.pl. Druhým je HubMed, dostupný na adrese http://hubmed.org.

PubMatrix

PubMatrix umožňuje zadať dva zoznamy vyhľadávacích termínov, tak, ako je zobrazené na obrázku 1.6.

Obr. 1.6 Úvodná stránka PubMatrixu

Vyhľadávanie sa vykonáva iba mimo pracovnej doby v USA a podľa počtu kombinácií kľúčových slov môže trvať aj niekoľko minút. Systém po zadaní kľúčových slov automaticky vyhľadá v PubMede všetky dvojkombinácie termínov z prvého a druhého zoznamu. Výsledkom je tabuľka, v ktorej je v riadkoch zoznam kľúčových slov zadaných ako „Search terms,“ v stĺpcoch zoznam kľúčových slov zadaných ako „Modifier terms“ a jednotlivých bunkách tabuľky je počet článkov, ktoré PubMed našiel pre kombináciu kľúčového slova daného riadku a daného stĺpca, pozri obrázok 1.7. Napríklad ak zadáme do prvého zoznamu termíny „breastfeeding“ a „milk formula“ a do druhého „Crohn* disease“ a „ulcerative colitis“, systém vyhľadá články, ktoré obsahujú termíny „breastfeeding“ a „Crohn* disease“, „breastfeeding“ a „ulcerative colitis“, „milk formula“ a „Crohn* disease“, „milk formula“ a „ulcerative colitis“.

Obr. 1.7 Výsledky vyhľadávania kombinácie kľúčových slov v PubMatrixe

PubMatrix je mimoriadne užitočný nástroj v prípade, že je nutné vykonať veľký počet vyhľadávaní a prípadne výsledky týchto vyhľadávaní uchovať aj do budúcnosti. Napríklad ak vyhľadávame články zaoberajúce sa jednotlivými génmi, biochemickými parametrami, cytokínmi alebo rizikovými faktormi z preddefinovaného zoznamu pri rôznych ochoreniach. Typickým použitím je príprava diskusie k článku s vlastnými výsledkami, kde konfrontujeme naše zistenia (zoznam 1) pri sledovaných ochoreniach (zoznam 2). PubMatrix nám tak umožňuje automaticky pripraviť prehľady ku každému zisteniu a tieto v diskusii k článku okomentovať.

HubMed

HubMed je jedným z alternatívnych rozhraní vyhľadávania na
PubMede. Ponúka dve unikátne funkcie.

Prvou výhodou je možnosť zadať dlhý zoznam referencií a HubMed nájde každý jednotlivý článok v PubMede. Následne je možné všetky vyhľadané články stiahnuť do citačného softvéru. Táto funkcionalita je veľmi pohodlná, pokiaľ si chceme rýchlo stiahnuť desiatky citácií z nejakého prehľadového článku do vlastného citačného softvéru namiesto prácneho vyhľadávania jednej citácie po druhej. So stiahnutými citáciami v citačnom softvéri je možné následne pracovať, prečítať si abstrakty, dať automaticky vyhľadať fulltext alebo ich použiť ako citáciu k vlastnej práci.

Po druhé, HubMed integruje hľadanie na PubMede so zdieľaním článkov na sociálnych sieťach, ako je Twitter, bibliografická sieť Mendeley a sledovaním citácií v databáze Scopus. Počet zdieľaní článku je tak indikátorom jeho významu a je to jeden zo spôsobov hodnotenia významu (renkovania, z anglického rank – prideliť význam) článkov. Renkovanie článkov je dôležité najmä pri veľkom počte podobných článkov na posúdenie toho, ktoré sú vedecky najvýznamnejšie (obr. 1.8).

Obr. 1.8 Príklad vyhľadávania pomocou HubMedu

Platené knižničné služby s využitím PubMedu

Ďalšou z alternatív k verejne dostupnému PubMedu sú platené
bibliografické portály veľkých vydavateľstiev a spoločností. Popri základnej funkcii PubMedu zvyčajne ponúkajú dodatočné služby, ako je široká dostupnosť fulltextov, rýchly prehľad citovaných článkov a článkov citujúcich čítaný článok. Často je možné prehľadávať viacero databáz naraz a začleniť napríklad aj vyhľadávanie kníh a iných zdrojov. Medzi veľké bibliografické portály patrí napríklad portál Scopus spoločnosti Elsevier, Web of Science spoločnosti Thomson Reuters alebo portály EBSCO, Embase alebo Dynamed.

1.1.3Google scholar a alternatívne spôsoby vyhľadávania literatúry

PubMed je v súčasnosti najvýznamnejší vyhľadávač vedeckých článkov v oblasti medicíny. Nie je však jediný a existuje mnoho alternatívnych a doplnkových ciest k vyhľadaniu vedeckých informácií. Spomenul by som najmä tri doplnkové bibliografické zdroje, a to národné lekárske knižnice a ich národné vyhľadávače, vedecké sociálne siete, ako je napríklad ResearchNet, Mendeley alebo CiteULike a čoraz presnejší a rozsiahlejší vyhľadávač Google scholar. Ako bolo spomenuté, PubMed má niekoľko slabších miest, ako je koncentrácia na anglickú literatúru, zhromažďuje iba časopisecké články, je ťažké posúdiť významnosť článku a plnotextovo je dostupných asi iba pätnásť percent článkov. Využitím spomínaných alternatívnych a doplnkových spôsobov je možné tieto slabiny vyvážiť a získať viac informácií.

Google scholar

Google scholar je špecializovaný podtyp internetového vyhľadávača Google so zameraním na akademickú literatúru dostupný na stránke http://scholar.google.com/. Na rozdiel od PubMedu prehľadáva všetky vedecké disciplíny, nielen biomedicínske vedy. Príklad výsledkov vyhľadávania Google scholar je na obrázku 1.9.

V porovnaní s PubMedom má niekoľko nesporných výhod a niekoľko slabých miest. Google scholar bol spustený v roku 2004 a postupne sa vypracoval na takmer plnohodnotnú alternatívu k PubMedu. Google scholar prehľadáva oveľa viac bibliografických databáz, zahŕňa nielen časopisecké zdroje, ale aj knihy, PhD. práce, abstrakty z konferencií, menej významné časopisy neindexované na PubMede a články na akademických internetových stránkach. V roku 2014 obsahoval spolu asi 160 miliónov dokumentov, čo je vyše 6-násobne viac ako PubMed. Google scholar umožňuje po prihlásení do účtu Google uchovávanie vyhľadaných článkov aj ich export do citačných softvérov, ako je EndNote. Od roku 2012 umožňuje aj uchovávanie a zverejňovanie vlastných prác a automatické vyhľadávanie publikácií, ktoré užívateľove články citujú. Využitím týchto údajov vypočítava Google scholar individuálny h-index užívateľa; h-index je scientometrický index, ktorý zohľadňuje akademickú produktivitu vedca. Vypočítava sa z počtu publikácií a ich citovanosti. Napríklad h-index10 znamená, že vedec publikoval desať prác, z ktorých každá bola citovaná najmenej 10-krát.

Obr. 1.9 Výsledky vyhľadávania pomocou Google scholar

Okrem väčšieho rozsahu prehľadávaných zdrojov ponúka Google scholar aj ďalšiu zaujímavú funkciu, a to je automatické uvedenie počtu citácií daného článku. Toto umožňuje rýchlo identifikovať význam vedeckého článku. Čím je článok viac citovaný, tým je významnejší. Navyše po kliknutí na počet citácií sa automaticky zobrazia všetky citujúce zdroje, ktoré článok použili ako referenciu. Google scholar používa údaj o počte citácií ako hlavný parameter na pridelenie významu článku. Najvýznamnejšie články ponúka ako prvé vo vyhľadávaní. Medzi ďalšie výhody Google scholar patrí, že u väčšieho počtu prác dokáže nájsť plnotextovú verziu.

Medzi slabiny Google scholar patrí nižšia kvalita vyhľadávania. Nie je možné spoľahnúť sa, že Google scholar zaradí do vyhľadávania aj nové články publikované v posledných mesiacoch. Navyše vzhľadom na veľkú váhu, ktorú Google scholar prikladá počtu citácií sa nové články zobrazujú na nižších miestach. Google scholar nehodnotí kvalitu poskytovaných informácií a môže do výsledkov zaradiť aj nevedecké alebo pochybné zdroje. Ďalšou nevýhodou je menší rozsah bibliografických polí, ktoré Google scholar o článkoch poskytuje. Ak sa stiahnu informácie do citačného softvéru, bývajú často neúplné a mnohé údaje, ako je abstrakt, PubMedID alebo digitálny identifikátor článkov, chýbajú. Bez týchto údajov sú mnohé funkcie citačného softvéru, ako je napríklad automatický update článku alebo vyhľadanie fulltextu, nedostupné.

Česká a slovenská bibliografia

Takmer všetky vyspelé krajiny majú svoje vlastné bibliografické katalógy, ktoré zhromažďujú vedecké biomedicínske informácie a publikácie v národnom jazyku. Národné katalógy zväčša spravujú národné lekárske knižnice a obsahujú oveľa viac vedeckých článkov v národnom jazyku. Často umožňujú paralelné vyhľadávanie v časopiseckých aj knižných databázach. Vyhľadávanie kníh alebo článkov publikovaných v českých a slovenských časopisoch je možné v databáze Bibliographia medica Čechoslovaca (BMC), dostupnej na stránke http://www.medvik.cz/bmc/. Táto tvorí základ vyhľadávacieho portálu Medvik českej Národnej lekárskej knižnice. V Medviku sú okrem BMC dostupné katalógy kníh, periodík, autorov a český preklad slovníka MeSH termínov. Obdobnú, rozsahom menšiu databázu článkov slovenských časopisov Bibliographia medica Slovaca, má aj Slovenská lekárska knižnica. Dostupná je na stránke: http://arl4.library.sk/arl-sllk/sk/rozsirene-vyhladavanie/.

Vedecké sociálne siete

Ďalšou pomerne novou alternatívou k PubMedu sú vedecké sociálne siete. Ide o internetové portály s individuálnym členstvom. Zaregistrovaný člen môže pridávať, zdieľať a komentovať vedecké práce. Môže si vybrať priateľov, ktorých príspevky sleduje. Môže sa začleniť do skupiny, ktorá sa venuje nejakej téme a diskutovať v rámci skupiny. Medzi hlavné výhody vedeckých sociálnych sietí patria preselekcia významných prác okruhom priateľov a vysoká dostupnosť fulltextov. Práce je totiž možné zdieľať v režime „pre osobnú“ potrebu a autori majú možnosť nahrať do svojej knižnice svoju autorskú kópiu fulltextu. Medzi najväčšie vedecké sociálne siete patrí v súčasnosti Mendeley a Research Gate.

Mendeley je primárne citačný softvér (pozri kapitolu Citačný softvér), ktorého úvodná stránka po prihlásení je zobrazená na obrázku 1.10.

Obr. 1.10 Sociálna vedecká sieť a citačný softvér Mendeley

Medzi základné funkcie Mendeley patrí vyhľadávanie v databáze citácií všetkých užívateľov Mendeley. Neobmedzuje sa len na medicínu, ale obsahuje príspevky z odborov spoločenských a prírodných vied. Citácie je možné uchovávať, spravovať a zdieľať vo vlastnej knižnici citácií. Je možné nainštalovať si desktop verzie pre osobné počítače (PC, Mac) a knižnicu si stiahnuť a synchronizovať do vlastného počítača. V Mendeley je možné sledovať vybraných vedcov, zapojiť sa do tematických skupín a diskutovať k prácam.

Druhou rozšírenou sociálnou vedeckou sieťou je ResearchNet, ktorého stránka po prihlásení je na obrázku 1.11.

Vážení čtenáři, právě jste dočetli ukázku z knihy Základy klinického výskumu.
Pokud se Vám líbila, celou knihu si můžete zakoupit v našem e-shopu.